微生物质谱分析是一种通过测量离子质荷比（质量－电荷比），从而确定其质量的分析方法，通俗点讲，质谱就是一种类型的“秤”，只不过它称量的是离子的质量，在众多的分析测试方法中被认为是一种同时具备高特异性和高灵敏度且得到了广泛应用的普适性方法。

　　微生物质谱仪器一般由进样系统、离子源、质量分析器、检测器、数据处理系统等部分组成。由于进样方式、离子源、质量分析器等的不同，质谱仪分为不同的种类，临床上常见的有液相色谱串联质谱、气相色谱串联质谱、电感耦合等离子体质谱、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱等等。

　　微生物的分类其实有很多，就拿细菌为例，细菌是原核生物的一类，是一类形状细短，结构简单，多以二分裂方式进行繁殖的原核生物，是在自然界分布广、个体数量多的有机体，是大自然物质循环的主要参与者。细菌主要由细胞膜、细胞质、核质体等部分构成，有的细菌还有荚膜、鞭毛、菌毛等特殊结构。

　　之所以能够对细菌进行鉴定，是因为细菌的核糖体蛋白具有保守性，一般不会随生长条件的变化而变化，而不同细菌的核糖体蛋白指纹图谱具有各异性，指纹图谱中的某些峰具有属、种，甚至亚种特异性。

　　另外，同种细菌在同一培养条件下生长，所得到的质谱结果具有可重复性，这使得鉴定细菌结果更加准确。与传统的细菌鉴定流程相比，微生物前处理时间和菌种鉴定时间65分钟以内可完成，是有效的细菌鉴定解决方案。